Церковь Сан Себастьяна когда-то называлась Санта-Мария-ин-Паллара и была построена в X веке на месте пыток Сан Себастьяна.
До этого здесь находился языческий храм.
Церковь была реставрирована в 1626-1631 гг. папой Урбаном VIII. Большинство фресок изображавших сцены из жизни Христа и Сан Себастьяна были утеряны в ходе перестройки, сохранились только абсиды X века.