Монастырь был основан в 1386 году в честь Рождества Пресвятой Богородицы матерью героя Куликовской битвы князя Владимира Храброго Марией Кейстутовной.
Стоял монастырь на вершине склона, круто спускающегося вниз к реке Неглинной.
В центре обители была деревянная Рождественская церковь, ставшая со временем соборным храмом монастыря.
Княгиня Мария, приняв в монашестве имя Марфы, была похоронена за стенами этой обители. Позже в Рождественском монастыре приняла постриг под именем Евпраксии жена Владимира Храброго, княгиня Елена Ольгердовна. Ее примеру последовали вдовы воинов, погибших на Куликовом поле. Во многом на их средства был обустроен один из древнейших монастырей Москвы.
В 1501-1505 годах деревянная церковь Рождества Пресвятой Богородицы сгорела и на ее месте построили каменный собор, сохранившийся до наших дней (впоследствии добавились два предела).
В 1525 году в Рождественский монастырь была насильно подстрижена Соломония Сабурова – бездетная супруга великого князя Василия III. Она была выбрана из 1500 невест, привезенных из разных городов Руси. Но за двадцать лет супружества княгиня не смогла родить наследника престола, и тогда стареющий Василий III отправил Соломонию в Рождественский монастырь.
Здесь ее насильно подстригли под именем Софьи.
За это Василий III получил константинопольского патриарха суровое предостережение, что во второй женитьбе «будешь иметь злое чадо: царство твое наполнится ужаса и печали, кровь прольется рекою, падут головы вельмож, грады запылают».
Также существует легенда, что это Соломония, сопротивлявшаяся этому постригу, прокляла будущий брак бывшего мужа – «Бог отомстит моему гонителю!».
Поскольку в Москве многие поддержали Соломонию, ее отправили подальше – в суздальский Покровский монастырь.
Хотя существует гипотеза, что отправленная в монастырь Соломония уже ждала ребенка.
У Василия III во втором браке с Еленой Глинской родился Иван IV Грозный.
В XVII веке на средства князя Лобанова-Ростовского была построена церковь святителя Иоанна Златоуста. Позже церковь неоднократно реконструировали и от первоначального декора мало, что сохранилось.
В 1835 году колокольню собора поразила молния и взамен ее была установлена новая в стиле классицизма. В нижнем ярусе обустроена надвратная церковь священно мученика Евгения Херсонского.
В начале XX века на территории монастыря были построены трехэтажные кельи с классами церковно-приходской школы, а также еще один храм во имя Казанской иконы Божией Матери.
После Октябрьской революции, в 1922 году монастырь закрыли, на тот момент в обители было 800 монахинь.
На территории монастыря размещались коммунальные квартиры, в церкви был клуб, а на месте снесенного древнего кладбища построили школу.
В 1989 году Рождественский монастырь был открыт снова, через четыре года здесь появились монахини.
сейчас в монастыре идут восстановительные работы.
Фотосъемка на территории монастыря запрещена.